Scientology respektiert alle Religionen. Sie hat mit anderen Religionen den Traum von Frieden und Erlösung gemeinsam. Im Glaubensbekenntnis der Kirche heißt es, „dass alle Menschen unveräußerliche Rechte auf ihre eigenen religiösen Gebräuche und deren Ausübung haben“.
Auf institutioneller Ebene ist die Kirche für ihre religionsübergreifende Gemeindearbeit mit anderen Glaubensgemeinschaften bekannt. Auf persönlicher Ebene gebietet der Moralkodex, dem Scientologen sich verpflichtet fühlen:
„Respektieren Sie die religiösen Überzeugungen anderer.“
„Auf dem Grundstein der Toleranz lassen sich gute menschliche Beziehungen aufbauen.“
„Man braucht sich nur das durch religiöse Intoleranz verursachte Morden und Leiden vor Augen zu halten, das sich durch die ganze Geschichte der Menschheit bis zur Gegenwart zieht, um einzusehen, dass Intoleranz sehr überlebensfeindlich ist.“
„Religiöse Toleranz bedeutet nicht, dass man seinem eigenen Glauben keinen Ausdruck verleihen kann. Es bedeutet jedoch, dass der Versuch, die religiösen Glaubensauffassungen und Überzeugungen anderer zu untergraben oder anzugreifen, immer schnell zu Schwierigkeiten geführt hat.“
„Auf dem Weg zum Glücklichsein kann es zu Streitigkeiten kommen, wenn man die religiösen Überzeugungen anderer nicht respektiert.“
Religion ist heutzutage Gegenstand vieler Diskussionen und kritischer Betrachtungen. Trotzdem war zu keiner Zeit ihr zivilisierender Einfluss von größerer Wichtigkeit als heute. L. Ron Hubbard war der Ansicht, dass Religion der erste Ausdruck des Gemeinschaftssinns ist:
„Wenn Religion in einer Gesellschaft ohne Einfluss ist oder ihn verloren hat, erbt der Staat die gesamte Last von öffentlicher Moral, von Verbrechen und von Intoleranz. Er muss dann Bestrafung und Polizei einsetzen. Doch das ist nicht erfolgreich, da Moral, Integrität und Selbstachtung, die einer Person nicht schon innewohnen, kaum mit großem Erfolg erzwungen werden können. Allein durch ein spirituelles Bewusstsein und das Einschärfen des spirituellen Wertes dieser Eigenschaften können sie zustande kommen. Es muss mehr Vernunft und mehr emotionelle Motivation, moralisch und so weiter zu sein, geben, als es Androhung von Strafe durch den Menschen gibt.“
